Nuoruudessaan – Albert Schweitzer kertoi tämän aivan itse – Albert oli nähnyt näyn, että kolmekymmenvuotiaana hänen elämänsä muuttuu ihmisten palvelemiseksi. Ylioppilasaikanaan hän oli liittynyt myös hyväntekeväisyysyhdistykseen nimeltä ”Diakonat Thomaner”. Yhdistyksen jäsenet olivat velvollisia pyytämään suoranaista rahaa varakkaimmilta köyhille annettavaksi. Tämän yhdistyksen oli perustanut eräs pappi. Pappina myös Albert Schweitzer päivysti päivittäin kello kahden jälkeen, kun erilaista apua tarvitsevia ihmisiä saapui huolineen ja murheineen paikalle. Omaan virka-asuntoonsa Albert Schweitzer majoitti tarvittaessa hylättyjä ja turvattomia lapsia. Hänestä tuntui kuitenkin, että aina apu ei tavoittanut tarvitsijaansa; alkoi tuntua siltä, että todellista apua saatiin annetuksi vain silloin, kun ihminen sai katsottua toista ihmistä silmiin ja ojentaa tälle kätensä.

Vuoden 1905 syksyllä elämää nähnyt neiti toi Albert Schweitzerille, säätiön johtajalle, joka kuukautisen lähetysseuran lehden jälleen kerran, koska tiesi Albert Schweitzerin olevan kiinnostunut lähetysasioista. Schweitzer silmäili lehteä ja oli jo laskemassa sen kädestään, kun yllättäen huomasi lehdessä otsikon: ”Les besoins de la Mission du Congo” – Mitä Kongon lähetykseltä puuttuu. Artikkelin mukaan Kongon Cabunin lähetysasemalta puuttui työntekijöitä ja siinä vedottiin ihmisiin, jotta nämä tarjoutuisivat tuohon vaativaan työhön. Albert Schweitzer itse mainitsi myöhemmin: ”Kun olin lopettanut lukemisen, ryhdyin rauhallisena työhön. Etsiminen oli päättynyt.” Etsiminen oli todella päättynyt. Hän oivalsi tuolloin, että hänet on kutsuttu Kongoon ja hän lähtisi sinne nimenomaan lääkärinä, koska heitä siellä kipeimmin tarvittaisiin.

Tämä päätös toi muassaan monia ongelmia ja ratkaistavia asioita; edessä olisi viiden tai kuuden vuoden opiskelut lääkäriksi ja olisi luovuttava monesta, kuten harrastuksista, viroista ja arvoista. Onneksi nämä asiat eivät merkinneet kovin paljon Albert Schweitzerille, ja oikeistaan tämä orastava elämänmuutos sopi aivan huvin hänelle. Hän tiedosti myös odotettavat vaikeudet; kolmekymmenvuotias ei opi enää samoin kuin kaksikymmenvuotias ja työn jätettyä opinnot pitäisi kuitenkin rahoittaa, mutta se olisi vaikeaa ilman tuloja. Oma terveys myös mietitytti; miten pärjätä viidakon vaativissa olosuhteissa varsinkin, kun kollegoita ei löytyisi avuksi läheltä?

Albert Schweitzer käytti viikkoja mahdollisuuksien tutkimukseen ja mietiskelyyn sekä kirjoitti lopulta: ”Vain se, joka pitää aikomuksiaan itsestään selvinä eikä epätavallisina ja joka ei täytä velvollisuuttaan sankarina vaan järkevällä innolla, kykenee olemaan henkinen seikkailija, joita maailma tarvitsee.” Schweitzer piti edelleen luentojaan, hoiti säätiön johtajan tehtävät, opetti lapsia, soitti urkuja, antoi jopa erään maalarin maalata itsestään muotokuvan. Hän ei kuitenkaan kertonut kaavailemistaan suunnitelmista kenellekään, paitsi luottoystävälleen, strassburgilaisen historiankirjoittajan tyttärelle, jonka nimi oli Helene Breslau. Vihdoin hän paljasti suunnitelmansa kirjeitse myös omille vanhemmilleen ja tässä samassa yhteydessä erosi opintosäätiön johtajan virasta.

Pariisissa ystävät eivät oikein ottaneet ymmärtääkseen Albert Schweitzerin päätöstä. Mm. Widor tohti moittia hänen suunnitelmiaan ja kotona omat vanhemmat tekivät samoin. Jotkut ystävät epäilivät Schweitzerin pettyneen suunnitelmissaan ja että hänen saavutuksensa eivät riittäneet hänen kunnianhimolleen. Jotkut naiset epäilivät Schweitzerin pettyneen rakkaudessa ja jokunen epäili jopa hänen mielenterveyttään. Albert Schweitzer voitti kuitenkin kaikki epäilyt ja jatkoi sinnikkäästi valitsemallaan tiellä. Seuraavaksi ilmeni vaikeuksia yliopistomaailmassa; koska Albert Schweitzer oli opettajakunnan jäsen ja dosentti, ei ollut mahdollista kirjata häntä opiskelijaksi. Jos hän sitä vastoin osallistuisi lääketieteenluennoille ulkopuolisena, hänellä ei olisi mahdollisuutta suorittaa tutkintoja. Tämä ongelma saatiin hoidettua yliopiston hallituksen erikoisluvalla. Suuremman ongelman muodosti Pariisin lähetysseura, jonka palvelukseen Albert Schweitzer hakeutui; seura kieltäytyi ottamasta häntä vastaan. Seuran johtaja kyllä osoittautui joviaaliksi, mutta komitealla oli selvästi oma näkemyksensä Albert Schweitzerista ja hänen uskonkäsityksistään. Albert Schweitzer selitti seuralle, että hän ei halua lähteä työhön lähetyssaarnaajana vaan lääkärinä, mutta edelleen epäilyt hänen suhteensa jatkuivat.

Albert Schweitzerille tarjottiin myös tilaisuutta liittyä toisen lähetysseuran, Sveitsin Yleisen Evankeelisen Lähetysyhdistyksen palvelukseen, mutta tätä hän ei itse halunnut. Hän katsoi sinnikkäästi, että hänen tuleva työkenttä olisi Ranskan Kongo Pariisin lähetysseuran alaisuudessa. Asia jäi tuolloin kuitenkin ratkaisematta ja Albert Schweitzer syventyi kaikella tarmollaan opintoihinsa.  

Pelko siitä, että opiskelu kävisi hitaammin iän myötä, osoittautui Albert Schweitzerille täysin turhaksi. Siitä tyytyväisenä hän kirjasi muistiinpanoihinsa: ”Tuohon asti olin pitänyt eräänlaisena psyykkisenä vaarana, ettei niin sanotuissa henkitieteissä, joiden kanssa olin siihen saakka ollut tekemisissä, ollut totuutta, joka olisi itsessään sellaiseksi osoittautunut, vaan ainoastaan sen ilmenemismuodot voitiin yrittää osoittaa toisiksi. Nyt olin äkkiä toisessa maailmassa. Olin tekemisessä totuuksien kanssa, jotka muodostuivat tosiasioista, ja ihmisten parissa, joista oli itsestään selvää, että heidän oli todistettava jokainen väitteensä.” Schweitzerin onnistui suorittaa tutkintonsa mahdollisimman lyhyessä ajassa; fysiikan tutkinto toukokuussa 1909 ja loppututkinto lokakuussa 1911. Harjoitteluvuoden aikana hän kirjoitti väitöskirjansa aiheesta, mitä lääketieteellinen kirjallisuus sanoo Jeesuksella oletetun olleesta sielunsairaudesta. Vuoden 1913 keväällä Albert Schweitzer perehtyi tropiikin lääketieteeseen.

Charles-Maria Widor.

Kuinka Albert Schweitzer sitten rahoitti opintojaan tuolloin? Hän piti ahkerasti esitelmiä sekä antoi urkukonsertteja mm. Pariisissa, Strassburgissa, Münchenissä ja Barcelonassa. Joitakin töitä oli vielä jäänyt keskeneräiseksi ja nekin piti loppuun saattaa. Hän kirjoitti tutkielman urkujen rakentamisesta sekä valmisteli viimeiset luvut Jeesuksen elämän historian tutkimukseensa. Loman turvissa hän kirjoitti kirjan apostoli Paavalin ajatusmaailman tieteellisen tutkimuksen historiasta sekä julkaisi ystävänsä Charles-Maria Widorin kanssa Johann Sebastian Bachin preludeita ja fuugia.

Kustantaja Schirmer New Yorkista otti yhteyttä Widoriin ja pyysi häneltä uudet laitokset Bachin urkuteoksista varustettuna merkinnöillä, miten Bachin musiikkia olisi soitettava. Widor suostui työhön ainoastaan sillä ehdolla, että saisi tehdä työn ystävänsä Albert Schweitzerin kanssa. Työ eteni siten, että Albert Schweitzer teki luonnokset teoksista ja molemmat yhdessä viimeistelivät työn lopuksi. Näin saatiin julkaistuksi viisi nidettä Johann Sebastian Bachin sonaatteja, konserttoja sekä preludeja ja fuugia. Ne julkaistiin saksaksi, ranskaksi ja englanniksi ja olivat merkittävästi vaikuttamassa Johann Sebastian Bachin urkumusiikin ymmärryksen lisääntymistä maailmalla. Kolme jatko-osaa koraalialkusoittoja Albert Schweitzer ajatteli työstävänsä valmiiksi vähän myöhemmin tullessaan Eurooppaan lomaa viettämään.

Bach ei valitettavasti itse jättänyt urkuteoksiinsa rekisteröinti- ja vaihtomerkintöjä, ja tyyli määräytyi muinoin hyväksytyn käytännön ja silloisten mahdollisuuksien mukaiseksi. Vanhoissa uruissa sekä forte että fortissimo kuuluivat pehmeästi, mutta nykyuruissa ilmaisumahdollisuudet ovat aivan toiset ja voimalla voidaan jyrätä hienoja asioita. Tätä Johann Sebastian Bach ei kuitenkaan tarkoittanut! Nykyurkujen fortissimossa yksittäiset sävellajit saattavat hämärtyä ja Schweitzer sekä Widor halusivat soittaa Bachin urkumusiikkia siten, että rinnakkaiset ja vastakkaiset sävellajit erottuisivat toisistaan. He tekivät teoksiin merkintöjä korostaakseen näitä asioita sekä ohjatakseen niin koskettimiston kuin jalkionkin käyttöä. Kappaleiden yhteyteen on laitettu tärkeitä huomautuksia soittajille, joihin hän voi tutustua ennen soittamisen aloittamista.

Helene ja Albert Schweitzer menivät avioliittoon kesäkuussa 1912.

Monenlaisia tehtäviä piisasi aivan Afrikkaan lähtöön asti Albert Schweitzerilla. Tulevan sairaalansa kalustonkeräys alkoi jo hyvissä ajoin ja suurin osa tulevan sairaalan kaluston keräysvaroista tuli lahjoituksina, mutta osan Albert Schweitzer hankki konserttituloillaan. Schweitzerin piti kerätä varoja mm. lääkkeiden ostoon, sidetarpeisiin, vaatteisiin ja instrumentteihin. Albert Schweitzer avioitui kesäkuussa 1912 Helene Breslaun kanssa. Nuorikko oli opiskellut sairaanhoitoa ja oli korvaamaton apu Albert Schweitzerille sairaalatuotteiden hankinnassa ja pakkaamisessa.

Vielä kuitenkin tarvittiin tärkeän yhteistyökumppanin siunaus Albert Schweitzerin projektille. Jälleen Albert Schweitzer kääntyi Pariisin lähetysseuran puoleen lupautuen lääkäriksi Kongon osa-alueelle ilman palkkaa. Tämän lisäksi hän veisi Afrikkaan mukanaan ammattitaitoisen vaimonsa apulaisekseen, sairaalan tarvitseman välttämättömät välineet, varat sairaalan pyörittämistä varten vuodeksi sekä Schweitzerin ystävien lupauksen lisävaroista hankkeeseen tarvittaessa.