Seitsemänkymmentä raskasta matka-arkullista Schweitzereiden tarvikkeita lähti helmikuun lopussa 1913 matkaan rahtitavarana Bordeaux'hon. Yhdessä kuljetuslaatikossa oli Pariisin Bach-seuran lahjaksi Albert Schweitzerille antama tropiikin olosuhteita kestävä, jalkiolla varustettu piano, jolla Albert Schweitzer saattoi ylläpitää soittokuntoaan Afrikassa. Aviopari Schweitzer lähti matkaan Günsbachista maaliskuussa; Pariisissa he pysähtyivät pääsiäissunnuntaina kuuntelemaan Widorin urkukonserttia ja seuraavana päivänä he matkustivat junalla Bordeauz'hon, josta heidän laiva lähti matkaan.

”Vertaus rikkaasta miehestä ja Lasaruksesta tuntui puhuvan meistä. Me olemme rikas mies, koska kehittyneen lääketieteen avulla pystymme tuntemaan useita sairauksia ja meillä on keinoja tuskien lievittämiseksi. Tämän rikkauden suunnatonta etua me pidämme itsestään selvänä. Mutta kaukana siirtomaissa istuu köyhä Lasarus, värillinen kansa, jolla on sairauksia ja tuskia kuten meilläkin, niin, vieläpä enemmän kuin meidän kannettaviksemme on pantu, eikä heillä ole minkäänlaisia välineitä niiden vastustamiseksi. Kuten rikas mies ajattelemattomuudesta teki syntiä köyhää vastaan tämän oven edessä, koska hän ei asettunut köyhän asemaan eikä antanut sydämensä puhua, niin mekin teemme.” Näin Schweitzer itse näki tilanteen.

Laivamatkallakin Albert Schweitzer käytti aikaansa tehokkaasti valmistautuen tulevaan. Hän tapasi laivalla mm. upseereita ja siirtomaavirkamiehiä, jotka olivat kokeneita Afrikan asiantuntijoita. Afrikan puolella ensimmäinen satama oli Dakar, jossa Schweitzer sai tuntumaa Afrikkaan ja sen elämään. Dakarissa laivaa tankattiin ja matka jatkui Librevillen satamaan. Täällä Schweitzer sai kutsun amerikkalaiselta lähetyssaarnaajalta tulla tutustumaan heidän lähetysasemaansa. Albert Schweitzer teki käynnillään tarkkoja havaintoja paikallisista elinolosuhteista ja ihmisistä.

Seuraavassa satamassa, Cap Lopezissa matkalaiset vaihtoivat pienempään, vanhanaikaiseen laivaan ja matkasivat kaksi päivää ja yötä pitkin Ogowea Lambareneen. Vain 50 km päiväntasaajalta etelään sijaitsee Ranskan Gabun, joka on osa Kongon aluetta. Ogowe-joki on n. 1 200 km pitkä ja leveyttä sillä on leveimmillä kohdilla useita kilometrejä. Sadeaikaa kestää lokakuusta toukokuuhun ja lämpötila voi varjossakin hyvin olla 35 astetta. Vettä ja viidakkoa kirjassaan Schweitzer kuvailee osuvasti vaikutelmiaan:

”Meistä tuntui kuin näkisimme unta. Vedenpaisumuksen aikaiset maisemat, joista jossakin olimme nähneet mielikuvituksellisia piirroksia, heräävät eloon. Ei voi erottaa, missä virta loppuu ja maa alkaa. Liaanien peittämien juurakkojen valtava tiheikkö ulottuu jokeen asti. Pensaspalmuja, palmupuita, niiden välissä vihertäväoksaisia ja mahtavalehtisiä lehtipuita, yksinäisiä korkeita puita, laajoja alueita viuhkalehtistä papyruskaislikkoa, täyteen vihreyteensä kuolleita puita, jotka kohoavat mädäntyneinä kohti taivasta. Joka aukossa näkyy välkkyvä vedenpitä, joka taholla erottuu uusia joenhaaroja. Haikara lentää raskain siivin ja laskeutuu kuolleeseen puuhun, pienet siniset linnut kiitävät yli vedenpinnan, korkeudessa risteilee merihaukkapari. Niin, siitä ei voi erehtyä! Palmupuusta riippuu liikahdellen – kaksi apinanhäntää… Tämä on todellista Afrikkaa! Näin jatkuu tunti tunnin jälkeen. Joka taholla on samnlaista. Aina vain samaa metsää, samaa keltaista vettä. Yksitoikkoisuudessaan tämän luonnon mahti on suunnaton.”

Laivan matkatessa jokea pitkin Albert Schweitzer sai kuulla laivan vanhaltankapteenilta orjakauppiaiden häikäilemättömästä toiminnasta Afrikassa; kaikki tämä häväistys oli tapahtunut kristittyjen siunauksella. Hän sai kuulla myös valkoisten tuoman paloviinan autioittamista kylistä. Tämä kaikki sai Schweitzerin miettimään:

”Suuri velka rasittaa meitä ja kulttuuriamme. Emme voi vapaasti valita, tahdommeko vai emme tahdo tehdä näille kaukaisille ihmisille hyvää, meidän on pakko tahtoa. Heitä kohtaan osoittamamme hyvyys ei ole hyväntekeväisyyttä, vaan sovitusta. Jokaista kärsimysten tuottajaa tulee vastata avun tuoja. Ja vaikka tekisimme kaiken, mikä on meidän voimiemme varassa, emme olisi sovittaneet sadasosaa velastamme.”

Schweitzer oppii myös, ettei valkoiset ole aina olleet värillisten vihollisia; monet heimot tappoivat toisia melkein sukupuuttoon ja kannibaalit söivät toisia ihmisiä surutta. Siirtomaalaisten oli siis jopa pakko tulla näiden väliin. Laiva jatkoi rauhallista matkaansa joella ja välillä sen oli pakko pysähtyä jonkin kylän kohdalla ottamaan puita, jotta koneita voitiin lämmittää. Sata halkoa maksoi joko neljä tai viisi frangia, mutta mielummin opettiin maksuksi viinaa. Puu on täällä rikkaus; perunoita, viljaa ja riisiä ei kasvateta, koska ne eivät kasvaisi kuitenkaan. Sen sijaan erilaiset banaanilajikkeet ja öljypalmut menestyivät täälläkin, tuoteet vaan piti hyvin keittää tai paistaa. Appelsiinit ja mandariinit sekä maissi ovat myös hyvin käytettyjä täällä. Maniokkijuuresta alkuasukkaat keittävät jokapäiväistä puuroa, jota käytännöllisesti syödään joka aterialla.

Albert Schweitzer pääsi heti Afrikassa harjoittamaan ammattiaan.

Vihdoin matkalaiset saapuivat Lambareneen, jossa on kauppoja, virastorakennus sekä asuinrakennuksia kuisteineen. Täällä oli myös lähetysasema, jonka työntekijät lähetyskoulun lapsien kanssa ottavat Schweitzerit ystävällisesti vastaan jo rannalla. Heidät majoitetaan pieneen taloon, joka on varustettu välttämättömin huonekaluin ja koristeltu kukkasin. Talo on pystytetty betonipaalujen varaan tuhohyönteisten vuoksi. Vastaanottohuoneen ja apteekin rakennusmateriaalit olivat jo tulleet, mutta työmiehiä ei jostakin syystä vielä näkynyt paikalla. Matka-arkut olivat myös vielä tulematta ja koska oltiin Afrikassa, ei voinut sanoa tarkkaa aikataulua saapumisesta. Albert Schweitzerilla oli kuitenkin oma lääkärinlaukkunsa ja heidän talonsa olohuone sai aluksi toimia vastaanottotilana.

Pian kiiri viidakossa tieto lääkärin saapumisesta paikkakunnalle ja potilaita alkaa välittömästi virrata Schweitzerin luokse runsaasti. Potilaat saapuvat etupäässä vesiteitse, sillä teitä on huonosti viidakossa. Albert Schweitzerin oli aloitettava viidakkolääkärin toimet välittömästi hyvin puutteellisissa olosuhteissa, vaikka hänen välineensä olivat pääosin vielä saapumatta. Läheinen vanha, käyttämätön kanalarakennus kunnostettiin leikkaussaliksi; leikkaukset suoritettiin siellä tosi lämpimissä olosuhteissa. Sairaala-apulaiseksi pestattiin alkuasukas, Joseph, joka osasi useampaa paikallista murretta sekä englantia ja ranskaa. Valitettavasti apulainen ei vain osannut lukea eikä kirjoittaa, mutta hän oli muuten hyvin oppivainen työn suhteen. Aiemmin hän oli toiminut kokkina ja lihaa leikatessaan saanut vähän tuntumaa anatomiaan. Melko pian Schweitzer otti hänet leikkauksiin mukaan ja apulainen oppi myös tekemään diagnooseja potilaista.

Mitä sairauksia täällä viidakon keskellä sitten hoidettiin? Malaria oli viidakossa yleinen vaiva, samoin väärin yhteenkasvaneet luunmurtumat. Oikeastaan samoja tauteja, kuin Euroopassakin, paitsi umpilisäkkeen tulehdusta ja syöpiä. Lepra oli myös paha vaiva alueella. Sairaalan työpäivät oli 12 tuntisia; alkoivat aamulla klo kuusi ja päättyivät illalla kuudelta. Lopulta lähetysaseman sairaalaparakkikin saadaan valmiiksi; Schweitzer halusi parakkiin suuret ikkunat ilman laseja, vain tiheät verkot suojaamaan moskiitoilta. Kattoon jännitettiin vaaleita kankaita. Vesijohtoa sairaalassa ei ollut ja valo saatiin kynttilöillä. Sairaalaparakissa oli neljä huonetta; vastaanottohuone, leikkaussali, apteekki ja yksi huone sterilisointikonetta varten. Pitempiaikaista hoito vaativat sairaat majoitettiin aluksi venevajaan, mutta myöhemmin heille rakennettiin oma maja veistämättömistä hirsistä. Sisällä oli kaksikerroksisia lavitsoja, joissa oli levitettynä kuivia heiniä. Apuhoitaja sai myös oman majan. Sittemmin alueelle nousi myös varastosuoja ja tavarahalli, työvälinevaja sekä pieni asuntorakennus.

Albert Schweitzerin ainut rentoutuminen viidakossa tapahtui musiikin parissa, ja tästä hän kertoo itse näin: ”Olin alistunut siihen, että toiminta Afrikassa merkitsi taiteilijantieni loppua ja uskoin, että luopuminen olisi helpompaa, jos antaisin sormieni ja jalkojeni ruostua. Mutta eräänä iltana, soittaessani kaihomielisenä erästä Bachin urkufuugaa, sain yhtäkkiä päähäni ajatuksen, että voisin käyttää vapaita hetkiä Afrikassa suorastaan hyväkseni hioen ja syventäen soittoani. Tein saman tien suunnitelman Bachin, Mendelssohnin, Widorin, César Franckin ja Max Regerin teosten esille ottamisesta siitä huolimatta, vaikka minun olisi käytettävä viikkoja tai kuukausia yhteen ainoaan kappaleeseen. Miten nautinkaan voidessani harjoitella kaikessa rauhassa, lähestyvästä konsertista riippumatta, vaikka en voinutkaan harjoitella ajoittain kuin puoli tuntia päivässä.”

Albert Schweitzerin päivärytmi muodostui tietynlaiseksi; klo 6.30 oli aamiainen, jonka jälkeen hän teki puutöitä ulkoilmassa. Nyt seurasi sairaalassa tutkimuksia, leikkauksia, apteekissa työskentelyä sekä laboratoriotutkimuksia. Päivällisen jälkeen hän lepäsi tunnin ajan, sitten hän suoritti sairaskäyntejä ja teki hoitotoimenpiteitä tarpeiden mukaan sekä työskenteli vielä puutarhassa. Tähänkään Schweitzerin työpäivä ei loppunut; varsin usein hänen työhuoneestaan loisti valo puoleenyöhön, sillä hän kävi kirjeenvaihtoa, luki tieteellisiä julkaisuja ja teki lisäksi omia tukimuksiaan. Keskiyön aikaan Albert Schweitzer teki vielä kierroksen sairaalassa tarkistaen paikat.