Ilmasto Schweitzerin viidakkosairaalassa asetti vaaleammalle ihmiselle melko haasteelliset työolosuhteet ja Albert Schweitzerkin joutui ajoittain taistelemaan uupumusta vastaan. Myös hermot joutuivat koetukselle, vaikka aikaisemmin sellaisia ongelmia ei ollut esiintynyt. Albert Schweitzerin päiväkirjamerkintä todistaa: ” Leikkauspotilaat on sidottava! Minun on tislattava vettä, valmistettava lääkkeitä, puhdistettava haavoja! Vedettävä hampaita! Tämä kiire ja potilaiden kärsimättömyys saavat minut joskus niin hermostuneeksi, etten enää tunne itseäni.”

Schweitzer sai kuitenkin merkittävästi voimia ja virkistystä ainoasta todellisesta harrastuksestaan, musiikista. Albert Schweitzer itse kertoo: ”Olin alistunut siihen, että toiminta Afrikassa merkitsi taiteilijantieni loppua ja uskoin, että luopuminen olisi helpompaa, jos antaisin sormieni ja jalkojeni ruostua. Mutta eräänä iltana, soittaessani kaihomielisenä erästä Bachin urkufuugaa, sain yhtäkkiä päähäni ajatuksen, että voisin käyttää vapaita hetkiä Afrikassa suorastaan hyväkseni hioen ja syventäen soittoani. Tein saman tien suunnitelman Bachin, Mendelssohnin, Widorin, César Franckin ja Max Regerin teosten esille ottamisesta siitä huolimatta, vaikka minun olisi käytettävä viikkoja tai kuukausia yhteen ainoaan kappaleeseen. Miten nautinkaan voidessani harjoitella kaikessa rauhassa, lähestyvästä konsertista riippumatta, vaikka en voinutkaan harjoitella ajoittain kuin puoli tuntia päivässä.”

Työskennellessään Afrikassa Albert Schweitzer tuli päivä päivältä vakuuttuneemmaksi, että tummat ihmiset eivät ole älyllisesti yhtään vaalempia veljiään huonompia. Henkisellä puolella vain tuntui olevan eroa; Schweitzer tunsi selvästi potilaidensä pelkäävän jotakin. Heillä tuntui olevan taikauskoa ja tabuja, joita oli vaikea poistaa. Albert Schweitzer päätyi seuraavin johtopäätöksiin mietittyään asioita: Pelkkä lääkärinä toimitseminen ja lääkitseminen ei auta pelokkaita potilaita, vaan hänen pitää myös toimia lähetyssaarnaajana Afrikassa. Nyt hän kääntyi keskusteluun paikallisten lähetyssaarnaajien kanssa, joilla oli häneen vahva luottamus. Lähetyssaarnaajat vapauttivat Albert Schweitzerin Pariisin lähetyskomitealle antamasta lupauksesta olla toimimatta lähetyssaarnaajana. Näin hän sai vapaammat kädet omaan toimintaansa.

Toiseksi Schweitzer pohdiskeli Euroopan tilannetta. Eurooppalainen näyttäytyi nyt miehenä, joka oli saanut suuren perinnön, mutta ei tiennyt mitä sillä tekisi. Kun eurooppalainen katsoisi Afrikkaan ja sen ongelmia, hän oppisi varmasti tietämään, millaisen lahjan on saanut tieteessä, kulttuurissa ja uskonnossa. Albert Schweitzer työskenteli ahkerasti viidakossa lääkiten potilaitaan ja vähitellen hän voitti heidän varauksettoman luottamuksen puolelleen. Eräs synnyttänyt äiti esim. antoi lapselleen nimeksi Albert Tohtori. Albert Schweitzer itse tunnusti: ”Useasti seistessäni valkoisena lääkärinä värillisen sairaan edessä on tapahtunut tämä: kaksi vierasta ihmistä kahdesta toisilleen vieraasta maailmasta on katsonut toisiaan, ja tässä katseessa on rakkauden virta kulkenut toisesta toiseen. Silloin on meille molemmille, valkoiselle ja mustalle, valjennut tuonpuoleinen valta, joka tahtoo sovittaa kahtia jakautuneen maailman.”

Keväällä 1913 Albert Schweitzer lähti matkalle Eurooppaan ja otti mukaansa 2 000 Saksan markkaa kultana, kun pelkäsi sodan alkavan Euroopassa ja mitätöivän setelirahan merkityksen. Euroopassa vallitsi onneton tila; saksalaiset ja ranskalaiset olivat ajautuneet sotaan toisiaan vastaan ja olivat vetäneet sotkuun mukaan vielä Venäjän, Englannin ja Itävallan. Albert Schweitzer oli sydämessään toivonut, että sota olisi vältetty. 5.8.1913 Schweitzerin kodin eteen viidakossa ilmestyi musta sotilas, joka ei päästänyt Albert Schweitzeria kotoaan minnekään, eikä kukaan päässyt hänen luokseen Schweitzerin asuntoon. Potilaat olivat tietysti ihmeissään ja kun asiasta tiedusteltiin sotilaalta, hän vain vastasi että on sotatila. Albert Schweitzer hyödynsi tämänkin ajan hyväkseen ja keskittyi kulttuurifilosofisiin kirjoituksiinsa täysipäiväisesti. Schweitzer vietti useita kuukausia ranskalaisten siirtomaaviranomaisten vankina viidakkokodissaan vapautuen vasta marraskuussa 1914 taas sairaalatyöhönsä potilaiden parissa.

Albert Schweitzer teki paljon työtä etsien vastauksia kulttuurifilosofisiin kysymyksiin, mutta sai huomata, että filosofiassa ei oltu tarkasteltu maailmankatsomuksen ja kulttuurin yhteenkuuluvuutta. Schweitzer kiteytti: ”Olin uupunut ja toivoton. Näin tosin jo tiedon siitä, mistä oikeastaan oli kysymys, välkkyvän edessäni. Mutta en voinut tavoittaa enkä ilmaista sitä.” Sairastunut lähetystyöntekijä pitkän jokimatkan takana keskeytti Albert Schweitzerin filosofoinnin ja hän lähti hoitamaan potilasta hajoamistilassa olevalla laivalla. Matkan aikana hän näki näyn, joka kirkasti hänelle tulevan eetillisen maailmankatsomuksensa: elämän kunnioittamisen.

Aikanaan Schweitzer oli lähtenyt Afrikan viidakkoon sairaiden pariin ajatellen, että luennot ja kirjoitukset saavat jäädä häneltä tyystin. Nyt hän löysi tarpeen kirjoittaa ja hänellä oli myös asiaa. Päivät kuluivat viidakossa edelleen sairaiden kanssa, mutta yön pimeinä tunteina Albert Schweitzer istui työhuoneessaan kirjoittamassa. Schweitzer tunnisti, ettei kulttuuri ole mitään abstraktiota, vaan se toteutuu monissa yksityisissä persoonissa; jos kulttuuria uhkaa rappio, on yksityisessä ihmisessä mennyt jotakin vikaan. Ihmisiltä katoaa nykyään henkinen itseluottamus; tulee pettymyksiä ja alistumista, kun filosofisista maailmankatsomuksista ei löydy järkeä elämän mielekkäänä pitämiseen. Ihmiset vielä näännytetään valtavan tietotulvan alle, joita hän ei pysty jäsentelemään mitenkään.

Epäilevä ja alistettu ihminen jää eri uskontojen sekä valtiollisten ja sosiaalisten yhteisöjen painostuksen alaiseksi. Nämä eri yhteisöt eivät aina edes yritä todistella ihmisille asiansa oikeutusta. Järjen käyttöön ei rohkaista, vaan tarjotaan valmiita totuuksia, jotka pitäisi vain omaksua käyttöön. Eri organisaatiot voimistuvat sitä mukaan, kun saavat kannattajakuntaa puolelleen. Alkaan vähitellen propagandan käyttö ja ihmiset lopulta nujerretaan painostuksen alla. Lopulta hän epäilee jo oman aivojensa käyttämistä. Tämän Schweitzer näki onnettomuuden pääsyyksi. Kulttuuri voi kukoistaa vain, jos yksityinen ihminen kokee itsensä persoonana ja ajattelee itsenäisesti sekä vastaa teoistaan. Hän rohkaisi ihmisiä omien päätelmien tekemiseen ja silloin elämä saisi tarvitsemansa mielekkyyden. Näin Schweitzer kirjoitti asiasta: ”Mutta jos kerran ihminen on pettynyt filosofisten järjestelmien moninaisuuden suhteen ja sen vuoksi alistunut, niin en voi auttaa häntä, koska olen itsekin alistunut. Olen jopa sitä mieltä, ettei voida laatia lopullista filosofista järjestelmää, koska ei ole eikä koskaan voi olla inhimillistä järkeä, joka pystyisi saamaan selon maailmankaikkeudesta. Mutta ihminen voi päästä selvyyteen omasta itsestään, asemastaan ihmiskunnassa ja maailmankaikkeudessa. Vaikka hänen on luovuttava maailman kokonaiskäsityksestä, niin hän voi kuitenkin muodostaa itselleen elämänkatsomuksen, joka vastaa peruskysymyksiin mihin ja mistä.”

Schweitzer pohdiskeli muistiinpanoissaan paljon ”perus”-sanaa ja kuvaa sillä ajattelua varsinkin ihmisen omien kokemusten viitekehyksessä. Ihmistahdoksi hän nimeää syvimmän perustotuuden, josta voimme tulla juuri kokemusperäisesti tietoisiksi. Ilmiö on täysin omaa luokkaansa ja on sokean luonnon huomassa ainutlaatuinen, siveellistä tahtoa, joka suuntautuu arvokkaisiin päämääriin. Schweitzerille tämä muodosti elämän kunnioituksen. Näinkin hän kirjoitti: ”Joka päivä koin suurena armona sen, että samaan aikaan kun toisten täytyi kuolla, minä sain pelastaa elämää ja sen ohessa vielä tehdä työtä rauhan aikakauden koittamisen hyväksi.”

Onneksi yksi viimeisistä Lambareneen päästetyistä laivoista toi niin suuren määrän sairaalatarvikkeita, että viidakkosairaalan toiminta oli turvattu pitkäksi aikaan sodankin aikana. Muuten sota oli Schweitzerille suuri häpeän tunteen tuoja; häpeää oli täysin mahdotonta peitellä viidakon alkuasukkailta, kun nämä tulivat kyselemään häneltä vaikeita asioita. Miksi valkoiset saarnaavat rakkaudesta ja armosta, mutta tappavat samaan aikaan toisiaan surutta?

Albert Schweitzer sai vuonna 1916 tietää menettäneensä äitinsä tämän jäädessä sotahevosen jalkoihin. Syyskuussa 1917 Schweitzer sai vaimoineen tiedon, että heidän olisi lähdettävä laivalla Eurooppaan, jossa heidät suljettaisiin internointileiriin sodan vuoksi. Viidakkosairaala täytyisi jättää viidakon ja termiittien huostaan, eikä kirjoitustyökään voinut edistyä aikoihin. Koska laiva oli muutaman päivän myöhässä, Schweitzerille jäi hieman aikaa pakata instrumenttejaan ja tarvikkeitaan säilytettäväksi lähetysaseman parakissa. Omat käsikirjoituksensa hän keräsi nippuihin ja pyysi amerikkalaista lähetyssaarnaajaa säilyttämään ne tallessa sekä pyysi tätä postittamaan ne sodan jälkeen itselleen. Varmuuden vuoksi hän kirjoitti kahden yön aikana käsikirjoituksistaan ranskaksi yhteenvedon vastaisen varalle.