Manner-Suomen vanhin harmaakirkko ja kansallispyhättömme, Turun tuomiokirkko seisoo kummulla, Unikankareen kummulla, aivan Turun kaupungin sydämessä. Unikankareen kumpu tunnetaan jo esihistorialliselta ajalta myös hautapaikkana; tällä samalla kummulla seisoi jo 1100-luvulla Turun ensimmäinen seurakuntakirkko. Tämän kirkon vanhin runkohuone – nykyinen kirkon läntinen osa – länsitornin ja saarnastuolin välinen alue rakennettiin harmaasta kivestä noin vuosina 1230–1260. Tuomiokirkon lattian alla lepää noin 5 000 ihmisen jäännökset; lähes kaikki 1500 -1700-luvuilla haudatut vainajat on aikoinaan kirjattu ylös; voisi kuvitella, että paikka kiinnostaa siten ainakin sukututkijoita. Tuomiokirkossa on n. 90 muurattua hautakammiota ja lukematon määrä multahautapaikkoja. Hautaaminen tuomiokirkkoon lopetettiin vuonna 1784.

Kirkkosaliin pystytettiin vuosina 1260–1290 kymmenen nelikulmaista pylvästä ja samalla kirkon puinen sisäkatto vaihdettiin holvistoon; tuomiokirkko sai myös suuremman sakaristo, kaksi asehuonetta ja ensimmäisen kuorinsa. Kirkkoon rakennettiin harmaakivestä länsitorni ja kirkon järeät kiviseinät vuorattiin sisältä ja ulkoa tiilikatteella. Nyt tämä uusittu kirkko vihittiin käyttöönsä ilmeisesti 17.6.1290 Turussa. Tuomiokirkkona se on tunnettu vuodesta 1300 lähtien. Melko pian eli vuonna 1318 venäläinen sotajoukko teki Turussa pahaa jälkeä polttamalla osan kaupungista ja tuomiokirkosta; tuomiokirkon kalleuksia lähti sotajoukon mukana Novgorodiin.

Ruotsin Uppsalan hiippakunnasta, Bälingen pitäjästä kotoisin olleen Suomen keskiajan mahtavimpiin lukeutuneen piispa Hemmingin aikana vuosina 1338–1366 tuomiokirkko rakennettiin uudelleen. Piispa perusti tuomiorovastin viran Turkuun vuonna 1340, samoin koulun, sairaalan ja omilla kirjalahjoituksillaan tuomiokirkon kirjaston. Tuolloin kirkon itäpäätyyn lisättiin koko kirkkosalin kattava uusi pääkuori. Tässä samassa yhteydessä kirkon länsitornia korotettiin ja tornin uusi osa sai tiilimuurauksen. Vuosina 1370–1420 rakennettiin tuomiokirkkoon sivukappeleita, jolloin itse kirkkosali kävi sen vuoksi kovin hämäräksi. Tämän vuoksi kirkon keskilaivaa täytyi korottaa, jotta valoa saatiin korotuksen aukoista kappelien ylle.

Piispa Konrad Bitzin aikana 1400-luvun loppupuolella tuomiokirkko näytti basilikalta; tuolloin olivat valmistuneet kahdeksankulmainen Kaikkien pyhien kappeli ja nykyinen kirkon kuoriosa (1472). Tuomiorovasti Maunu Särkilahti – toimi Turun tuomiorovastina vuosina 1465-1489 ja Turun piispana vuosina 1489-1500 - teetti Kaikkien pyhien kappelin. Piispana hän julkisti hiippakunnalleen uuden säännön vuonna 1492, jossa mm. määrättiin, että kirkossa piti lukea rukouksia myös suomen kielellä. Rakennustyötä valvoi muurarimestari Henrik, joka työstään sai palkkion vuonna 1471. Suomalainen muurari Kemiöstä, Petrus Murator, suoritti tuomiokirkon keskilaivan korottamisen 44,5 metriin ja muurasi tähtiholvit valmiiksi. Murator nosti työstään palkkion vuonna 1466.

1640-luvulla Kaikkein pyhien kappeli yhdistettiin tuomiokirkon keskiaikaiseen kuoriin ja niistä tuli alttarikuori. Keskiajan lopulla kirkko sai vielä kolme kappelia; länsitornin sivuille kaksi kappaletta ja pääkuorin eteläsivulle kolmas kappeli. Keskiajalla näissä yli 40 kappelissa ja sivualttareilla palveltiin alkujaan pyhimyksiä ja vasta uskonpuhdistuksen myötä niiden merkitys väheni ja näistä kappeleista tuli lopulta tunnettujen sukujen hautakappeleita. Näitä sukuja olivat mm. Tottin, Stålhandsken, Munckin (Kilkin), Tavastin ja Gezeliusten suvut. Vielä 1650-luvulla kirkkoon rakennettiin vielä Kankaisten kappeli, joka toimi Hornien ja Kurkien sukujen hautakappelina. Tässä kappelissa sijaitsee Kaarina Maununtyttären sarkofagi. Erik XIV kuoltua vuonna 1577 Kaarina Maununtytär – alkujaan varaton ruotsinmaalainen nihdintytär – eli 35 vuotta Liuksialan kartanossa Kangasalla, kunnes haudattiin 21.3.1613 Turun tuomiokirkkoon. Vuonna 1867 Kaarinan arkku siirrettiin kappelin sarkofagiin, jonka suunnitteli arkkitehti Theodor Decker. Taiteilija Wladimir Swertschkoff teki kappelin maalaukset. Kappelin lattian alla lepäävät Turun hovioikeuden presidentin, valtioneuvos Jöns Kurckin (k. 1652) sekä Evert Kustaanpoika Hornin (k. 1687) maalliset jäännökset.

Monet tunnetut keskiajan kirkkomiehet saivat myös hautapaikan tuomiokirkon lattian alta. Tuomiokirkkoa koeteltiin myös monella tulipalolla, viimeksi Turun palolla vuonna 1827, ja siksi kirkon kalleudet ovat valtaosin myös tuhoutuneet tulipaloissa. Kirkko on muuttunut myös palon myötä; nykyinen tornihuippu kelloista ylöspäin valmistui vuonna 1829 arkkitehti Carl Ludvig Engelin suunnitelman mukaisesti. Tuomiokirkon nykyiset mitat ovat: pituus 89 metriä, leveys 38 metriä ja korkeus 44,5 metriä. Sisällä tornihallista oikealla on ensimmäisenä Pyhän Ursulan eli 11 000 neitsyen kappeli – kappeli rakennettiin 1450-luvulla Olavi Maununpojan ollessa piispana – ja entinen kirjasto sekä tuomiokapitulin kokoushuone, joka nykyään toimii yleisötilana. Seuraavaksi tulee Kristukseen uskoneille vainajille omistettu Sielujen kappeli, josta sittemmin tuli Stålhandsken hautakappeli. Kappelista tuli suomalaisen ratsuväen päällikön, hakkapeliittakenraali Torsten Stålhandsken (k. 1644) ja hänen puolisonsa Kristiina Hornin marmorinen, barokkikoristeltu hautamonumentti. Ruumisarkun pronssiseppeleessä lukee latinankielinen teksti: ”Eihän sitäkään, joka taistelee, seppelöidä, ellei hän taistele sääntöjen mukaisesti” (suom. 2 Tim. 2: 5). Stettinissä valmistettu tina-arkku oli ensin lattian alla hautaholvissa, kunnes 1800-luvun lopulla restauroinnin yhteydessä sijoitettiin tähän kappeliin.

Tätä seuraa 1200-luvulta peräisin oleva asehuone, ns. Brahen sisäänkäytävä ja Pormestarinkuori (rakennettu n. 1400), - entinen Pyhän Paavalin ja Pyhän Pietarin kappeli – jonka toisessa päässä sijaitsee toinen 1200-luvun asehuone. Tässä kappelissa on piispa Konrad Bitzin hauta ja hautakivi, jossa lukee: ”Kunnioitettavan isän herra Conradin, Turun piispan hauta, kuoli 1489 maaliskuun 13. päivänä”. Toisen asehuoneen jälkeen seuraa Tigerstedtien ja Wallensjiernojen kappeli, joka oli keskiaikaisen kuoritornin pohjaosa. Turun hovioikeuden asessori Olof Wallenstjerna rakennutti kappelin vuonna 1677 sukunsa hautakammioksi. Esihuoneen seinällä on monia keskiaikaisia maalauksia ja latinankielinen teksti: ”Sinä, joka sisään astut, muista, miksi olet syntynyt ihmiseksi.” Järjestyksessä seuraavaksi tulee Ristikuori, keskiaikainen Pyhän ristin alttari sekä Pyhän Laurentiuksen kappeli, joka on muutettu uudella ajalla Tottien hautakappeliksi. Åke Tottin (k 1640) ja hänen puolisonsa hautamonumentin – vuodelta 1678 - tekijä on Peter Schultz. Ristikuori jakautui alun alkuaan kahteen osaan kirkon vanhimpaan osaan, piispa Johannes III Westfalin aikana 1370-1385 rakennettuun Pyhän Katariinan ja piispa Bero II Balkin aikana 1390 rakennettuun Pyhän Bartolemeuksen kappeleihin. Pyhän Bartolemeuksen kappelin ulkoseinässä on koristeltu pyöröikkuna ja sen holvit ovat saaneet 1480-luvulla maalauksiksi evankelistojen vertauskuvia ja neljä naispyhimystä.

Tuomiokirkon pääkuori eli Kaikkien pyhien kappeli on saanut vasta vuosina 1850-1854 saanut maalauksensa, jotka maalasi turkulainen Robert Wilhelm Ekman (s. 13.8.1808 Uusikaupunki ja k. 19.2.1873 Turku), huomattava suomalaisen romanttisen muotokuvamaalauksen ja varhaisen kansallisromantiikan taidemaalari ja Turun piirustuskoulun johtajaopettaja vuosina 1846-1873. Ekmanin ensimmäinen opettaja oli Gustaf Wilhelm Finnberg. Vuodesta 1824 Ekman opiskeli Tukholman kuninkaallisessa taideakatemiassa valmistuen sieltä vuonna 1836. Hänen tuomiokirkon maalauksissa piispa Henrik kastaa suomalaisia kristinuskoon ja Mikael Agricola luovuttaa raamatunkäännöstään kuningas Kustaa Vaasalle. Vapahtajan elämää kuvaava kuvasarja kaunistaa kuorin kuutta kaarisyvennystä; näiden edessä olivat aikoinaan eri pyhimyksille omistetut alttarit. Alttaritaulun maalasi hovi-intendentti Fredrik Westin vuosina 1829-1833, taulun kehykset suunnitteli arkkitehti C. Blom ja valmisti – kuten tuomiokirkon saarnastuolinkin – kuvanveistäjä C. Wennerström.

Varhaisimmasta, nykyisen kirkkosalin alla sijaitsevassa kuorissa lepäävät piispat Maunu I (k. 1308), Ragvald II (k. 1321) ja Pentti (k. 1338). 1338-1366 rakennetusta uudemmasta kuorista ja sen kahdeksankulmaisten pilarien katveesta löytyy piispojen Hemming (k. 1366), Henrik II Hartmanninpoika (k. 1337), Johannes II Pietarinpoika (k. 1379), Bero II Balk (k. 1412), Eerik Sorolaisen (k. 1625), Isac Rothoviuksen (k. 1652) ja Eskil Petraeuksen (k. 1657) haudat. Alttarikuorin teettäjän piispa Särkilahden (k. 1500) ja linnapäällikkö Knut Possen (k. 1500) haudat sijaitsevat myös täällä.

Toisen keskiaikaisen kuoritornin pohjaosassa sijaitsee Pyhän Yrjänän eli Gezeliuksen kappeli. Tämän holvin suojissa lepäävät piispa Johannes Gezelius vanhempi (k. 1690) ja tämän poika, piispa Johannes Gezelius nuorempi (k. 1718) sekä hänen poikansa, Porvoon piispa Johannes Gezelius (k. 1733). Gezeliuksen kappelissa on myös piispa Hemmingin vuonna 1514 valmistunut koristeellinen pyhimysarkku, jonka sisältämässä kullatussa lippaassa säilytettiin saattueissa kannettua osaa pyhimyksen luustoa. Arkkua pidetään tuomiokirkon arvokkaimpana keskiaikaisena muistoesineenä.

Tuomiokirkon sakaristo on kolmen eri laajennuksen tulosta. Sakariston lattiasta löytyy merkinnät vanhempien perusmuurien sekä vanhan keskuspilarin paikoista. Sakariston vanhin osa sijaitsee liki ovea. Vanhin osa sakaristoa on 1200-luvun alusta peräisin olevasta Neitsyt Marialle pyhitetystä puisesta seurakuntakirkosta, sen kivistä sakaristoa. Sakariston länsiseinällä on seitsemän keskiaikaista komeroa; vasemmanpuoleinen komero on vesiallas (piscina), ja kirkkosalin puolella, oven suussa on Pyhän Henrikin ja Pyhän Eerikin alttarikomero.

Sakariston kupeessa sijaitsee Pyhän Ruumiin eli Tavastien kappeli, jonka piispa Maunu II Tavast (k. 1452) rakennutti vuonna 1425 kiitokseksi tekemästään pyhiinvaellusmatkasta Palestiinaan. Kappeliin on haudattu myös piispat Olavi Maununpoika (1460), Martti Skytte (1550) ja Herman Witte (1728) sekä ritari Olavi Niilonpoika Tavast (1460-luvulla). Hautamonumentit sinne on pystytetty sotamarsalkka Evert Hornille (k. 1615) ja hänen puolisolleen Margareta Finckelle (k. 1647) sekä skotlantilaiselle soturille, Samuel Cockburnille (k. 1621). Tavastin kappelia reunustaa rautainen aitaus koristeineen ja teksteineen ja se on yksi kirkon aarteista.

Tuomiokirkon pohjoissivulla on vielä kaksi muuta kappelia; sisäänkäyntikappelin toisella puolella on alkujaan 1420-luvulla kastekappelina toiminut Pyhän Johanneksen eli Kijkin kappeli ja länsitornin pohjoissivulla sijaitseva Tarkka-ampujakappeli, joka on toiminut myös sotilaskirkkona. Pyhän Johanneksen kappelissa on arvokkaita seinä- ja holvimaalauksia sekä keskiaikaisia veistoksia. Kappelin sukuhaudan perusti 1700-luvulla vuorineuvos Jakob Johan Kijk.

Tuomiokirkon parvella sijaitsee tuomiokirkkomuseo, johon on koottu arvokkaita puuveistoksia, kirkollisia astioita sekä kirkkotekstiilejä. Kokoelmissa on mm. 1480-luvulla kirkolle lahjoitettu Ejbyn kalkki; tanskalainen Otto Rud ryösti vuonna 1509 Kaikkien Pyhien kappelista sen ja lahjoitti sen edelleen Ejbyn kirkkoon Sällannin saarella. Vuonna 1925 Ejbyn kalkki palautettiin takaisin Turkuun tanskalaisten lahjoituksena. Keskiaikaista kirjontatyötä tuomiokirkkomuseossa edustaa mm. Bursa, kalkkiliinallinen ja öylättilautasen säilytysrasia, joka on valmistettu helmiompelija Albertus Pictorin työhuoneessa Tukholmassa 1490-luvulla. Turun tuomiokirkossa on nykyään kolmet urut. Kuoriurut ovat vuodelta 1973 sekä 81 äänikertaiset pääurut ja Tarkka-ampujankappelin urut vuodelta 1980.